付岩 博士, 副研究员 中国科学院计算技术研究所 地址：北京市海淀区科学院南路6号 邮编：100190 电话: 010 62601016 信箱: [yfu]-[a.t.]-[ict.ac.cn] [English version]

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研究方向

- 应用和发展统计和机器学习方法，解决重要的生物学问题。目前专注于计算蛋白质组学研究，包括蛋白质鉴定搜索引擎、翻译后修饰检测、搜索引擎重排序和统计评估等问题的算法研究和软件开发。

近期文章 （全部）

- Yan Fu, Liyun Xiu, Wei Jia, Ding Ye, et al. DeltAMT: a statistical algorithm for fast detection of protein modifications from LC-MS/MS data. Molecular & Cellular Proteomics, 10(5):M110.000455, 2011. (pdf)

- Yan Fu, Rong Pan, Qiang Yang, Wen Gao. Query-Adaptive Ranking with Support Vector Machines for Protein Homology Prediction. In Proceedings of the 7th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA2011). Lecture Notes in Bioinformatics, 6674:320–331, 2011. (pdf)

- Ding Ye, Yan Fu, Ruixiang Sun, et al. Open MS/MS Spectral Library Search to Identify Unanticipated Post-Translational Modifications and Increase Spectral Identification Rate. In Proceedings of the 18^th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2010). Bioinformatics, 26(12):i399-i406, 2010. (pdf)

- Yan Fu, Wei Jia, Zhuang Lu, et al. Efficient discovery of abundant post-translational modifications and spectral pairs using peptide mass and retention time differences. The Seventh Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2009). BMC Bioinformatics. 10(Suppl 1):S50, 2009. (pdf)

- Wei Jia, Zhuang Lu, Yan Fu, et al. A strategy for precise and large-scale identification of core fucosylated glycoproteins. Molecular & Cellular Proteomics. 8:913-923, 2009. (pdf)

软件工具

- pFind: 利用串联质谱数据鉴定肽和蛋白质及其修饰的数据库搜索引擎

- pCluster: 用于翻译后修饰检测的液谱质谱数据聚类软件

- pMatch: 用于蛋白质修饰鉴定的开放式质谱库搜索软件

学术演讲

- On the false discovery rate control in proteomic analysis of post-translational modifications. 第九届国际生物信息学研讨会(IBW2011), 西安, 2011年7月12日.

- Query-Adaptive Ranking with Support Vector Machines for Protein Homology Prediction. 第七届国际生物信息学研究与应用研讨会 (ISBRA2011), 长沙, 2011年5月29日.

- Unrestrictive Modification Detection Based on Related Spectral Pairs. 首届中国计算蛋白质组学研讨会(CNCP2010), 北京, 2010年11月11日.

- In-depth detection of protein modifications using pFind software. 全国质谱大会暨第三届世界华人质谱研讨会. 长春, 2010年8月1日.

- pFind: a software platform for protein identification from LC-MS/MS data. 第九届中川韩生物信息学培训班与生物信息学研讨会, 上海, 2010年4月22日.

- Efficient discovery of abundant post-translational modifications and spectral pairs using peptide mass and retention time differences. 第7届亚太生物信息学会议 (APBC2009), 北京, 2009年1月16日.

- Mining Tandem Mass Spectral Data to Develop a More Accurate Mass Error Model for Peptide Identification. 太平洋生物计算研讨会(PSB2007), 夏威夷毛伊, 2007年1月30日.

学术活动

- 期刊审稿人：Proteomics, BMC Bioinformatics, Journal of Computer Science and Technology, Statistics and Its Interface, International Journal of Machine Learning and Cybernetics, Data Mining and Knowledge Discovery, IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, OMICS Publishing Group, etc.

学术荣誉

- 中科院计算技术研究所优秀研究人员（2009）

- 中科院计算技术研究所学术百星

- 中科院院长奖学金优秀奖（2007）

- 微软学者（2004）

- ACM KDD Cup 2004竞赛生物信息学任务全球并列第一名

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